Mei no Naisho là câu chuyện kể về cuộc sống của Haruna Mei, một chàng trai được nuôi dạy như con gái bỏi mẹ của mình, nên cậu lúc nào cũng nghĩ mình là con gái. Sau khi mẹ – người thân duy nhất của cậu – qua đời, Mei chuyển đến một trường nữ sinh và sống ở kí túc xá trường với con mèo của mình là Aberu, với bạn cùng phòng là Honjou Fuuka – ủy viên kỉ luật. Ngay sau khi nhập học, các bạn của Mei phát hiện ra cậu thật sự là một đứa con trai, đây là một cú sốc với Mei mặc dù cậu đang dần nhận ra sự khác biệt về thể chất của mình với các cô gái khác. Dù thân phận cậu đã bại lộ, nhưng với sự can thiệp của chủ tịch hội học sinh, hiệu trưởng quyết định để cậu ở lại. Sau ngày đó, Mei đến trường cùng Fuuka và xin lỗi các bạn vì đã che giấu việc cậu là mahou shoujo và đính chính rằng cậu là con trai. Các bạn của cậu nhanh chóng chấp nhận điều đó, và ấn tượng vì cậu thực hiện được phép thuật.