Bộ phim lấy bối cảnh vào thời điểm Nhật Bản đang chuẩn bị cho sự kiện thế vận hội thể thao thế giới ở Tokyo, lúc này diễn ra hàng loạt vụ bắt cóc bí ẩn, đoàn tàu tuyến tính siêu ống chân không với tốc độ 1000km/h mới ra mắt trở thành hiện trường hoàn hảo để kẻ gian thực hiện vụ án, khiến cả FBI và gia đình Akai phải vào cuộc điều tra. Bộ phim sẽ xoay quanh gia đình Akai, đây là một gia đình vô cùng đặc biệt, gia đình này có một liên hệ mật thiết với tổ chức áo đen, nhóm người bí ẩn được điều hành bởi ông chủ giấu mặt, khi người mẹ bí ẩn Mary bị teo nhỏ giống như Conan và Haibara.

Người con cả là Akai Shuichi được ví là Viên đạn bạc của tổ chức áo đen, nhưng trên thực tế anh là một đặc viên FBI nguỵ danh để trà trộn vào tổ chức áo đen. Người anh thứ hai là quán vương Haneda Shukichi, được gia đình giàu có là Haneda nhận nuôi. và người em út là nữ thám tử trung học Sera Masumi. Cô bắt đầu điều tra các thông tin có liên quan tới việc mẹ mình bị teo nhỏ đã chuyển tới ngôi trường mà Ran đang theo học, để giải đáp những thắc mắc của cô về Shinichi.